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呼吸道及肺部感染是呼吸系统疾病的重要组成部分。中国结核病(主要是肺结核)患者人数居全球第二,有肺结核患者500万,其中具传染性150万人,而感染耐多药的结核分枝杆菌的患者可达17%以上。由于至今尚未有防治病毒的特效方法,病毒感染性疾病的发病率未有明显降低;自广泛应用抗生素以来,细菌性肺炎的病死率显著下降,但老年患者病死率仍高,且肺炎的发病率未见降低。在医院获得性肺部感染中,革兰阴性菌占优势。在革兰阳性球菌中,耐甲氧西林的细菌亦明显增加;社区获得性肺炎仍以肺炎链球菌和流感嗜血杆菌为主要病原菌,还有军团菌、支原体、衣原体、病毒等。在2003年暴发的SARS,则为SARS冠状病毒感染。此外,免疫低下或免疫缺陷者的呼吸系统感染,则应重视特殊病原如真菌、 肺孢子菌及非典型分枝杆菌感染。
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