由于肾盂肾炎往往表现出一定的全身性症状，有时候会被忽视肾盂肾炎的可能，或者和肾小球肾炎、其他尿路感染等相混淆。
在临床上，有全身水肿，高血压、肾小球圆形血尿含量较多的蛋白尿等肾小球病情症状时，才能判定为肾小球肾炎；而肾盂肾炎主要还是表现出全身性的炎性症状，如发烧、寒战、头痛、呕吐等情况，以及尿路刺激症状。虽然在后期，肾盂肾炎的发展同样会影响肾小球的功能，症状复杂需要经过仔细检查才能辨别，在发病前期，两者的症状区别还是容易分清楚的。
肾盂肾炎属于上尿路感染，容易与膀胱炎等下尿路感染相混淆。通过实验室的细菌培养可以区分。此外，肾盂肾炎还应与肾和泌尿系统结核、尿道综合征等区别。
