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既往IgA肾病被认为是预后良好的肾脏疾病，但是随后的研究发现，IgA肾病确立后每年有1％～2％的患者进入终末期肾衰竭。新的研究提示血管转换酶（ACE）的基因多态性可能与疾病的预后有关，具有DD相同等位基因的患者，预后不佳。
提示疾病预后不良的指标有：持续高血压、持续蛋白尿（特别是蛋白尿>1g/24h）、肾功能损害和肾病综合征。此外，持续性镜下血尿也是预后不佳的指标。如果病理表现为肾小球硬化、间质纤维化和肾小管萎缩，或伴有大量新月体形成时，提示预后欠佳。
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