1.药种一定要与其它（树、菜、根、草）种子分开存放，避免多种混杂。贮存前要彻底清除其中的茎、叶、杂草、泥土等杂物，贮存房间应进行常规消毒，严防药种受到污染。
2.控制好水分，含油类多、水分多的药种应控制水分在8%~9%左右，一般种子应控制在12%~13%.水分过高，极易霉变。
3.药种最佳温度应控制在10℃左右，温度过高，种子呼吸旺盛，将会消耗自身贮存的营养，降低发芽率。
4.药种需用砖木垫高，离地50cm以上，不可直接放在地面上，舌则易受潮而降低发芽率，贮室应注意通风换气。
5.药种切不可用塑料袋密封，因塑料袋不透气，种子被迫进行无氧呼吸，会产生酒精和有机酸等有毒物质，失去发芽力。
6.药种不可与农药、化肥同存，种子一旦受到有害挥发气体影响，其种胚和细胞危害极大；药种不可受到烟气蒸熏，故厨房内不可存放药种，种子一旦受烟熏后，其活性和生命力将被削弱；药材种子还要注意防止鼠伤、虫咬的侵袭和污染，否则药种会变质，发芽率下降，直接影响来年药材的稳步、高产。
