盐析法分离蛋白主要基于蛋白质在高浓度盐溶液中的溶解度降低，从而从溶液中沉淀出来的原理。在水溶液中，蛋白质分子表面的电荷和水化层使得它们保持溶解状态。当加入适量的中性盐（如硫酸铵、氯化钠等）时，随着盐浓度的增加，它会竞争性的与水分子结合，减少了蛋白分子周围的水合离子，降低了蛋白质的溶解度。在达到一定盐浓度后，蛋白质之间的相互吸引力超过了它们与溶剂的作用力，导致蛋白质聚集并最终从溶液中沉淀出来。
不同种类的蛋白质由于其表面电荷性质和形状的不同，在特定的盐浓度下会有不同的溶解度，因此可以通过调节盐的浓度来实现对混合物中各种蛋白质的选择性沉淀。这种方法简单、快速且成本低廉，是生物化学实验室中常用的一种蛋白纯化手段。
