蛋白质消化后主要生成氨基酸和一些小分子的肽。蛋白质的消化是一个较为复杂的过程，涉及多个消化器官和多种消化酶的参与。

在口腔中，食物被咀嚼和磨碎，不过蛋白质在口腔中基本不被消化，因为口腔内没有消化蛋白质的酶。当食物进入胃后，胃壁细胞分泌的胃酸使蛋白质变性，破坏其空间结构，暴露出更多的肽键，为后续的消化创造有利条件。同时，胃主细胞分泌的胃蛋白酶原在胃酸的作用下被激活为胃蛋白酶，它可以将蛋白质分解为多肽和少量氨基酸。

接着，食糜进入小肠，这是蛋白质消化的主要场所。胰腺分泌的胰蛋白酶、糜蛋白酶、弹性蛋白酶等多种蛋白酶进入小肠。胰蛋白酶和糜蛋白酶能够特异性地切断蛋白质分子内特定部位的肽键，将多肽进一步水解为小分子的多肽和氨基酸。弹性蛋白酶则对弹性蛋白有较强的水解作用。此外，小肠黏膜细胞还会分泌一些氨基肽酶和二肽酶等，氨基肽酶可以从多肽链的氨基末端逐个水解氨基酸，二肽酶则将二肽水解为氨基酸。

经过一系列消化过程，蛋白质最终大部分被分解为氨基酸，这些氨基酸可以被小肠黏膜细胞吸收进入血液循环，运输到身体各个组织和细胞，用于合成新的蛋白质、参与各种生理代谢过程等。而未被完全消化的少量小分子肽也可以被吸收，在细胞内进一步分解为氨基酸发挥作用。总之，氨基酸是蛋白质消化的主要终产物，它们对于维持人体正常的生理功能和新陈代谢至关重要。