釉质发育不全的病因较为复杂，主要包括以下几方面。
全身营养失调是重要原因之一。在牙齿发育期间，如果维生素A、C、D以及钙、磷等缺乏，会对釉质发育产生不良影响。维生素A缺乏时，成釉器不能分化成高柱状细胞而蜕变成扁平细胞，导致釉质发育不全；维生素C缺乏会影响成釉细胞分泌釉质基质和矿化；维生素D严重缺乏时，钙盐在骨和牙齿组织中的沉积迟缓，甚至停止，使得釉质发育停止或矿化不全。钙、磷等矿物质的缺乏也会干扰釉质的正常矿化过程。
全身疾病也可能引发釉质发育不全。例如婴儿和母体在妊娠期的发热性疾病，如肺炎、麻疹、猩红热等，可使成釉细胞发育发生障碍。小儿的某些慢性疾病，如消化不良、结核病等，会影响营养物质的吸收和利用，进而影响釉质的正常发育。内分泌失调同样是一个关键因素，甲状旁腺功能降低时，血液中钙含量降低，磷含量升高，会引起釉质发育不全。
局部因素也不容忽视。常见的是乳牙根尖周严重感染，会影响其下方继承恒牙牙胚的发育，导致个别牙的釉质发育不全，这种情况在临床上多见于上颌前牙。此外，某些环境因素如过量的氟摄入，在牙齿发育矿化期可导致氟牙症，这也是釉质发育不全的一种特殊类型。外伤等也可能直接损伤成釉器，影响釉质的形成和发育。
