肠球菌与奈瑟菌在多个方面存在明显差异。

首先，从生物学特性来看，肠球菌为革兰阳性球菌，呈单个、成对或短链状排列，无芽孢、无鞭毛。它是兼性厌氧菌，能在较为宽泛的温度范围（10 - 45℃）生长，耐盐，可在6.5% NaCl肉汤中生长。而奈瑟菌是革兰阴性双球菌，两菌接触面平坦或略向内陷，形似咖啡豆。它是专性需氧菌，对营养要求较高，需要在含有血液、血清等培养基上才能良好生长，且最适生长温度为35 - 37℃。

其次，在致病性方面，肠球菌是人体肠道的正常菌群之一，但在一定条件下可成为条件致病菌，主要引起尿路感染、腹腔感染、败血症等，尤其在免疫力低下人群中易引发严重感染。而奈瑟菌属中的淋病奈瑟菌是淋病的病原菌，主要通过性接触传播，引起泌尿生殖系统化脓性感染；脑膜炎奈瑟菌则主要引起流行性脑脊髓膜炎，可通过呼吸道飞沫传播，严重威胁人类健康。

再者，从微生物学检查方法上，肠球菌的鉴定可通过触酶试验阴性、胆汁七叶苷试验阳性等特征进行初步判断，还可进一步通过生化反应和分子生物学方法确诊。奈瑟菌的检查，对于淋病奈瑟菌，可采取泌尿生殖道脓性分泌物涂片，镜检发现革兰阴性双球菌有诊断价值，同时可进行分离培养和生化鉴定；脑膜炎奈瑟菌可采集脑脊液、血液等标本，涂片染色镜检，分离培养时需注意保温保湿，采用巧克力色血琼脂平板，通过生化反应和血清学试验进行鉴定。

最后，在治疗方面，肠球菌对多种抗生素天然耐药，治疗较为困难，常需联合使用抗生素，如青霉素类与氨基糖苷类联合。奈瑟菌中，淋病奈瑟菌近年来耐药情况也日益严重，治疗需根据药敏试验选择合适的抗生素，如头孢曲松等；脑膜炎奈瑟菌感染可选用青霉素等敏感抗生素进行治疗。