氨基酸脱氨基的方式主要有以下几种：
1. 氧化脱氨基作用：这是氨基酸在酶的催化下进行伴有氧化的脱氨基反应。其中，L-谷氨酸脱氢酶是一种重要的酶，它能催化L-谷氨酸氧化脱氨生成α-酮戊二酸和氨。该酶在肝、肾、脑等组织中活性较强，且特异性高，只作用于L-谷氨酸。反应过程中，L-谷氨酸先脱氢生成亚氨基酸，亚氨基酸不稳定，再水解生成α-酮戊二酸和氨。氧化脱氨基作用是体内氨基酸脱氨基的重要方式之一，为机体提供了α-酮酸和氨，α-酮酸可参与糖、脂肪代谢等，氨则可通过尿素循环等途径排出体外。
2. 转氨基作用：在转氨酶的催化下，某一氨基酸的α-氨基转移到另一种α-酮酸的酮基上，生成相应的氨基酸和α-酮酸。体内存在多种转氨酶，如谷丙转氨酶（ALT）和谷草转氨酶（AST）。ALT在肝脏中活性较高，AST在心肌中活性较高。转氨基作用的意义在于它不仅是体内多数氨基酸脱氨基的重要方式，也是合成非必需氨基酸的重要途径。通过转氨基作用，可使不同氨基酸之间的氨基进行交换，以满足机体对不同氨基酸的需求。
3. 联合脱氨基作用：这是体内主要的脱氨基方式，可分为两种类型。一种是由转氨酶和L-谷氨酸脱氢酶联合催化的联合脱氨基作用。氨基酸先与α-酮戊二酸进行转氨基作用，生成相应的α-酮酸和谷氨酸，然后谷氨酸在L-谷氨酸脱氢酶的作用下氧化脱氨，生成α-酮戊二酸和氨。α-酮戊二酸又可继续参与转氨基作用。另一种是嘌呤核苷酸循环，主要在心肌、骨骼肌等组织中进行。在这些组织中，L-谷氨酸脱氢酶活性较低，难以通过上述联合脱氨基方式进行脱氨。嘌呤核苷酸循环过程中，氨基酸首先通过连续的转氨基作用将氨基转移给草酰乙酸，生成天冬氨酸；天冬氨酸与次黄嘌呤核苷酸（IMP）反应生成腺苷酸代琥珀酸，后者裂解生成延胡索酸和腺嘌呤核苷酸（AMP）；AMP在腺苷酸脱氨酶的催化下脱去氨基，生成IMP