根管再治疗是针对根管治疗失败或出现其他问题时采取的补救措施，但在治疗过程中可能会出现多种并发症。

器械分离是常见的并发症之一。在去除根管内原有的充填材料、预备根管等操作时，由于根管形态复杂、器械使用不当或器械本身质量问题等，可能导致根管器械如扩大针、锉等折断在根管内。这会使根管清理和充填变得困难，影响治疗效果，严重时甚至可能导致治疗失败。

根管侧穿也是较为严重的并发症。当再次进行根管预备时，如果操作不熟练或对根管解剖结构判断不准确，器械可能会穿透根管侧壁，造成根管侧穿。这会破坏根尖周组织的完整性，引发炎症反应，导致疼痛、肿胀等症状，增加感染的风险，影响根尖周组织的愈合。

残髓炎也是根管再治疗可能出现的问题。在去除原有充填物过程中，如果没有完全清除根管内残留的牙髓组织，这些残留的牙髓可能会再次发炎，引起疼痛。患者通常会感到患牙有冷热刺激痛、自发痛等症状，影响患者的生活质量。

此外，根管再治疗还可能导致根尖周炎急性发作。治疗过程中如果细菌感染扩散到根尖周组织，或者对根尖周组织造成过度刺激，都可能引发根尖周炎急性发作，出现咬合痛、牙龈肿胀、溢脓等症状。而且根管再治疗后还可能出现充填物超填或欠填的情况。超填会对根尖周组织产生刺激，引起疼痛和炎症；欠填则不能有效封闭根管，容易导致细菌再次侵入，造成根管治疗失败。