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化脓性颌骨骨髓炎的病原菌主要为金黄色葡萄球菌，其次是溶血性链球菌，亦即肺炎双球菌、大肠杆菌、变形杆菌等化脓性细菌。临床上多数是混合型细菌感染。
感染途径主要有牙源性感染、损伤性感染和血源性感染。牙源性感染最为多见，占化脓性颌骨骨髓炎的90%左右，一般常见在机体抵抗力下降和细菌毒力较强时，由急性根尖周炎、牙周脓肿、智牙冠周炎等牙源性感染的直接扩散所致。损伤性感染多因口腔颌面部皮肤和粘膜损伤，开放性颌骨骨折、火器伤、伴有异物存留等使细菌直接侵入骨内引起。血源性感染多见于儿童，一般有颌面部或全身其他部位化脓性病变或菌血症史，感染经血行扩散至颌骨，有时也可无明显全身病灶史。
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