革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的主要区别在于它们细胞壁的结构和成分不同，这导致了它们在革兰染色反应中的表现也有所不同。
1. 细胞壁结构：革兰氏阳性菌的细胞壁较厚，主要由多层肽聚糖组成，并含有大量的磷壁酸。而革兰氏阴性菌的细胞壁相对较薄，除了有较少的肽聚糖外，还有一层脂多糖和蛋白质组成的外膜。
2. 革兰染色反应：在进行革兰染色时，由于革兰氏阳性菌的细胞壁厚且含有较多的肽聚糖，能够保留结晶紫-碘复合物，因此呈现紫色。而革兰氏阴性菌因为其细胞壁结构的原因，在酒精脱色过程中容易失去这种复合物，最终被复染成红色或粉红色。
3. 抗生素敏感性：由于两者细胞壁结构的差异，它们对抗生素的敏感性也不同。例如，青霉素类抗生素主要作用于肽聚糖合成过程中的转肽酶，对革兰氏阳性菌效果较好；而对于具有外膜屏障的革兰氏阴性菌，则需要使用能够穿透这层外膜的药物如氨基糖苷类等。
4. 毒力因子：革兰氏阴性菌常含有内毒素（脂多糖），这是它们重要的毒力因子之一，可以引起机体产生炎症反应。而革兰氏阳性菌则可能通过其他方式（如分泌毒素）来发挥其致病作用。

了解这些区别对于临床诊断、治疗以及预防感染性疾病具有重要意义。