牙源性和非牙源性的肿痛在临床上有时难以区分，但通过详细的病史采集、临床检查以及必要的辅助检查可以有效地区分两者。以下是鉴别要点：
1. 病史：牙源性疼痛往往与特定的牙齿有关联，患者可能指出具体哪一颗牙齿引起不适或疼痛。这种疼痛可能是由龋齿、牙髓炎、根尖周炎等引起的。而非牙源性的肿痛则通常没有明确的牙齿定位，可能涉及颌面部其他结构如颞下颌关节紊乱、唾液腺疾病等。
2. 临床表现：牙源性病变常伴有患牙的叩击痛、冷热刺激敏感等症状；非牙源性疾病则表现为张口受限、咀嚼时疼痛加剧或者有弹响声等情况。此外，牙源性肿胀多局限于某颗牙齿周围，而非牙源性的可能涉及更大范围。
3. 辅助检查：X线片是鉴别诊断的重要工具之一。对于疑似牙源性疾病的患者，应拍摄相关区域的根尖片或曲面断层片以观察是否有龋洞、牙周病变、根尖阴影等异常改变。CT和MRI对评估深部软组织状况及骨骼结构更为敏感，在非牙源性疾病中具有重要价值。
4. 排除法：如果经过上述步骤仍无法确定原因，可以通过局部麻醉试验来进一步区分。即在疑似引起疼痛的牙齿周围注射少量局麻药，若疼痛迅速缓解，则支持牙源性诊断；反之则需考虑其他可能性。

总之，在临床实践中需要综合运用多种方法进行判断，并结合患者的具体情况作出准确诊断。