牙源性囊肿和非牙源性囊肿的主要区别在于它们的发生部位、病因以及病理特点。
首先，从发生部位来看，牙源性囊肿通常与牙齿的形成和发展有关，主要发生在上下颌骨中。而非牙源性囊肿的发生则不局限于颌面区域，可以出现在身体的其他部位，但当其发生在口腔颌面部时，可能与唾液腺、血管等组织相关。
其次，在病因方面，牙源性囊肿多由牙齿发育过程中的异常引起，如未萌出的智齿周围形成的含牙囊肿，或者是由于根尖周病导致的根尖囊肿。而非牙源性囊肿的原因则更加多样，可能与先天因素、炎症反应、外伤或肿瘤等有关。
最后，从病理特点上讲，牙源性囊肿内部多含有液体或者半固体物质，并且其壁通常包含有上皮细胞层，这些上皮细胞可以是牙板残余的鳞状上皮或者是成釉器的星网状层。而非牙源性囊肿的结构较为复杂，可能包括纤维组织、腺体组织等不同成分，具体取决于囊肿的具体类型。
总之，牙源性和非牙源性囊肿在临床表现、诊断方法及治疗方案等方面都有所差异，在实际诊疗过程中需要结合患者的具体情况进行综合判断。
