维持蛋白质三级结构的化学键主要包括氢键、疏水作用力、离子键和二硫键。这些化学键在蛋白质分子内部或与周围环境中的其他分子之间形成，对稳定蛋白质的空间构象起着重要作用。
1. 氢键：是由一个电负性较强的原子（如氧或氮）吸引另一个分子中氢原子上的正电荷而形成的较弱的非共价相互作用。在蛋白质中，氢键可以发生在氨基酸残基之间的侧链上，也可以发生在主链的肽键之间。
2. 疏水作用力：是指疏水性（亲脂性）的氨基酸残基倾向于聚集在一起以减少与水分子接触的现象。这种作用对于将疏水性的部分包裹在蛋白质内部形成稳定的结构至关重要。
3. 离子键：当两个带相反电荷的离子相互吸引时形成的静电吸引力，通常发生在带有正负电荷侧链的氨基酸之间。
4. 二硫键：是两条多肽链或同一条多肽链上半胱氨酸残基之间的共价连接。这种强健的化学键对于保持某些蛋白质特别是分泌型蛋白的正确折叠状态非常重要。
这些作用力共同作用，确保了蛋白质能够形成并维持其特定的功能性三维结构。
