新生儿黄疸主要与未结合胆红素（也称为间接胆红素）的代谢异常有关。在新生儿期，尤其是出生后的前几天，由于新生儿肝脏功能尚未完全成熟，处理和排泄胆红素的能力较弱，导致血液中未结合胆红素水平升高。当这种未结合胆红素过多时，它可以通过血脑屏障对大脑造成伤害，这种情况称为核黄疸或胆红素脑病。
此外，新生儿体内的红细胞寿命比成人短，且数量较多，因此在红细胞分解过程中产生的未结合胆红素也相对更多。如果新生儿的肝脏不能有效地将这些未结合胆红素转化为可以直接通过胆汁排出体外的结合胆红素（直接胆红素），那么就可能出现黄疸现象。
临床上，对于新生儿黄疸的管理主要是监测血清总胆红素水平，并根据需要采取光疗等措施降低血液中未结合胆红素浓度，以预防可能发生的严重并发症。
