医师的合法权益主要通过以下几个方面来保障：
首先，国家和地方层面制定了一系列法律法规来保护医生的权利。例如，《中华人民共和国执业医师法》明确规定了医师的职业权利与义务，包括但不限于依法行医权、专业培训权、科学研究及学术交流权等。这些法律为医生提供了明确的行为准则和社会地位的法律基础。
其次，医疗机构内部也有相应措施保障医生权益。医院通常会设立医务科或者专门的人事部门负责处理员工关系问题，确保每位医务人员能够在一个健康安全的工作环境中发挥其专业技能。同时，对于工作中遇到的职业风险（如医疗事故），医院也会提供相应的法律援助和支持。
此外，行业协会和工会组织也是维护医师合法权益的重要力量。比如中国医师协会就经常组织各种活动提高医生的社会认知度，并在必要时为会员提供法律咨询或代理服务。这些机构通过集体谈判等方式帮助医生争取更好的工作条件和发展机会。
最后，社会公众对医疗行业的理解和支持同样重要。通过加强医学知识普及教育，增强患者及其家属对医疗服务过程的认识，可以有效减少医患矛盾，营造良好的执业环境。
总之，医师合法权益的保障是一个系统工程，需要法律法规、医疗机构内部管理以及社会各界共同努力才能实现。
