超抗原和普通抗原在结构、作用机制以及对免疫系统的影响方面存在显著差异。

首先，在结构上，普通抗原通常是由蛋白质或其他大分子组成的复杂结构，需要经过抗原呈递细胞（如巨噬细胞或树突状细胞）的处理后，才能被T细胞识别。而超抗原则是一类特殊的蛋白，它们具有较小的分子量和独特的三维结构，能够直接与T细胞受体（TCR）以及主要组织相容性复合物（MHC）结合，无需经过加工处理。

其次，在作用机制上，普通抗原只能激活特定类型的T细胞，即那些其TCR能特异性识别该抗原肽-MHC复合物的T细胞。相比之下，超抗原则可以同时与多种不同的TCR和MHC分子结合，导致大量不同克隆型的T细胞被非特异性地活化。

这种广泛而强烈的激活效应使得超抗原对免疫系统的影响更加显著。一方面，它可以迅速引发强烈的免疫反应，包括但不限于炎症反应、细胞因子风暴等现象；另一方面，由于过度刺激可能导致免疫耐受或免疫抑制状态的发生，长期暴露于某些超抗原还可能增加自身免疫性疾病的风险。

总之，虽然普通抗原和超抗原都能引起机体的免疫应答，但后者通过其独特的结合特性及广泛的激活范围，在较短时间内即能产生强烈且复杂的免疫效应。因此，在临床实践中了解这些差异对于诊断、治疗相关疾病具有重要意义。