庆大霉素与妥布霉素都是氨基糖苷类抗生素，它们在多个方面存在区别。

从抗菌谱来看，庆大霉素抗菌谱较广，对多种革兰氏阴性菌如大肠埃希菌、克雷伯菌属、肠杆菌属、变形杆菌属、沙雷菌属、铜绿假单胞菌等有良好抗菌作用，对革兰氏阳性菌中的金黄色葡萄球菌也有一定作用。妥布霉素对铜绿假单胞菌的抗菌作用比庆大霉素强 2 - 4 倍，尤其是对耐庆大霉素的铜绿假单胞菌仍有效，但对其他革兰氏阴性菌的抗菌活性与庆大霉素相似，对金黄色葡萄球菌的作用与庆大霉素相近。

在药代动力学方面，两者口服都不易吸收，多采用肌内注射或静脉滴注给药。庆大霉素在体内分布广泛，可渗入胸腔、腹腔、心包、胆汁及滑膜腔等，但在脑脊液中浓度低。妥布霉素的分布情况与庆大霉素类似，不过在肾脏皮质中的浓度更高，且在肾组织中的蓄积时间更长。

从不良反应来说，两者都有耳毒性和肾毒性。庆大霉素的耳毒性以损害前庭功能多见，表现为眩晕、恶心、呕吐、眼球震颤和平衡障碍；肾毒性表现为蛋白尿、管型尿、血尿等。妥布霉素的耳毒性以前庭功能损害相对少见，而耳蜗神经损害相对较多见，可导致听力减退甚至耳聋；肾毒性与庆大霉素相似，但相对发生率可能稍低。

在临床应用上，庆大霉素常用于治疗敏感菌所致的呼吸道感染、泌尿道感染、肠道感染、皮肤软组织感染等。妥布霉素主要用于治疗铜绿假单胞菌感染，如烧伤、败血症等，也可用于其他敏感菌所致的严重感染。

综上所述，庆大霉素和妥布霉素虽然同属氨基糖苷类抗生素，但在抗菌谱、药代动力学、不良反应和临床应用等方面存在一定差异，临床医生会根据患者的具体情况选择合适的药物。