根尖周囊肿是颌骨内最常见的牙源性囊肿，属于炎症性囊肿，其成因主要与根尖周组织的慢性炎症密切相关。
通常，当牙齿发生龋病、牙髓病等情况时，如果没有得到及时有效的治疗，细菌及其毒素会通过根尖孔侵入根尖周组织，引发根尖周炎。在根尖周炎的慢性发展过程中，根尖周组织会出现炎症细胞浸润，炎症刺激会导致根尖周的牙周膜内残留的上皮剩余细胞增生。这些增生的上皮细胞团块，在中央部位由于营养供应不足等原因会发生变性、液化，逐渐形成小的囊腔。
随着炎症的持续存在，囊腔会不断地积聚囊液而逐渐增大。囊液的来源主要是周围组织的渗出液，其中包含了炎症细胞、蛋白质等成分。同时，炎症还会刺激根尖周组织产生破骨细胞，导致周围的牙槽骨被吸收，为囊肿的进一步扩大提供空间。
另外，根尖周囊肿的形成还可能与机体的免疫反应有关。在炎症刺激下，机体的免疫系统会被激活，产生一系列的免疫应答。免疫细胞和免疫分子在对抗细菌的同时，也可能对根尖周组织造成一定的损伤，促进囊肿的形成和发展。而且，患者自身的身体状况、口腔卫生习惯等因素也会对根尖周囊肿的发生发展产生影响。例如，身体抵抗力较差、口腔卫生不良的患者，更容易发生根尖周的慢性炎症，进而增加根尖周囊肿形成的风险。
