始基囊肿起源于成釉器发育的早期阶段，具体来说是在牙釉质和牙本质形成之前，成釉器的星形网状层发生变性、液化，液体潴留而形成的囊肿。这一过程有着较为明确的组织学基础和发生机制。

在牙胚发育过程中，成釉器是形成牙釉质的重要结构，它经历蕾状期、帽状期和钟状期等不同阶段。当处于帽状期或钟状期的早期，成釉器的星形网状层如果受到某些因素的影响，就可能发生变性。正常情况下，星形网状层细胞具有一定的功能和形态特点，对牙釉质的形成起到支持和营养等作用。但在一些病理因素作用下，该层细胞的代谢和结构出现异常，细胞间液体增多，进而发生液化。随着液体的不断积聚，就会逐渐形成一个充满液体的腔隙，这便是始基囊肿的雏形。

始基囊肿通常发生于牙胚未形成牙齿的部位，常见于下颌第三磨牙区及下颌升支部。这可能与该部位牙胚发育过程中的一些特点有关，比如局部组织的微环境、细胞的增殖和分化情况等。而且，始基囊肿一般不含牙，这与其他一些牙源性囊肿有所区别，像含牙囊肿是在缩余釉上皮与牙冠面之间出现液体渗出和蓄积而形成，其中包含有未萌出的牙齿。了解始基囊肿的起源对于准确诊断和恰当治疗该疾病具有重要意义。在临床诊断中，医生可以根据其起源特点和临床表现、影像学特征等进行综合判断，从而制定出最适合患者的治疗方案，以达到最佳的治疗效果。