由于你没有明确指出“二者”具体是什么，下面我以口腔常见的两种病变——牙源性角化囊肿和含牙囊肿为例，为你分析它们的组织病理差异。

牙源性角化囊肿又称为始基囊肿，其组织病理具有以下特征。囊壁较薄，由复层扁平上皮构成，一般厚度较一致，约 5 - 8 层细胞，无上皮钉突。上皮表面呈波浪状或皱褶状，表层角化多呈不全角化。棘细胞层较薄，常呈细胞内水肿。基底细胞层界限清楚，由柱状或立方状细胞组成，呈栅栏状排列，核深染且远离基底膜。纤维囊壁较薄，一般无炎症，但合并感染时，纤维组织增生，可见大量炎症细胞浸润，上皮可发生不规则增生，出现上皮钉突，角化消失。有时纤维囊壁内可见微小的子囊和（或）牙源性上皮岛。

含牙囊肿又称滤泡囊肿，是指囊壁包含一个未萌牙的牙冠并附着于该牙的牙颈部的囊肿。其组织病理表现为囊壁通常较薄，由纤维结缔组织构成，内衬复层扁平上皮，一般较薄，约 2 - 5 层扁平或矮立方状细胞，无角化，无上皮钉突。在囊壁中偶尔可见牙源性上皮岛或皮脂腺细胞。当囊肿继发感染时，上皮增生，钉突明显，可见大量炎症细胞浸润。含牙囊肿的囊腔内含有淡黄色透明液体，若继发感染则为脓性液体。

综上所述，牙源性角化囊肿和含牙囊肿在囊壁上皮的厚度、角化情况、细胞形态和排列，以及纤维囊壁的特征等方面都存在明显的组织病理差异。这些差异有助于在临床诊断和鉴别诊断中准确区分这两种病变，从而制定合适的治疗方案。