幽门螺杆菌主要生存于人体的胃部及十二指肠内。
在胃部，幽门螺杆菌偏好定植于胃黏膜上皮表面和胃黏液的底层。胃黏膜是一层保护胃壁的重要组织，幽门螺杆菌能够巧妙地避开胃酸的直接杀伤作用，利用自身螺旋形或S形、弧形的独特形态，凭借鞭毛的运动穿过胃黏液层。胃黏液层对于幽门螺杆菌来说是一个相对安全的“庇护所”，它可以在这里稳定地生存和繁殖。而且，胃黏膜表面存在着适合幽门螺杆菌附着的受体，幽门螺杆菌通过其表面的黏附素与这些受体结合，紧密地黏附在胃黏膜上皮细胞上，避免被胃的蠕动排空。
十二指肠通常呈碱性环境，一般不利于细菌生存，但当幽门螺杆菌感染胃窦部后，会引发胃上皮化生，也就是十二指肠内出现了类似胃黏膜的上皮细胞。幽门螺杆菌就可以在这些化生的上皮细胞上定植，进而在十二指肠内生存。
幽门螺杆菌在胃部和十二指肠的生存会对人体健康产生诸多不良影响。它会破坏胃和十二指肠的黏膜屏障，导致胃酸更容易侵袭黏膜组织，引发一系列胃部疾病，如胃炎、胃溃疡，甚至是胃癌。同时，在十二指肠内的感染也会增加十二指肠溃疡的发病风险。所以，了解幽门螺杆菌的主要生存部位对于研究其致病机制以及制定针对性的治疗和预防措施具有重要意义。
