鉴别葡萄球菌属种类可以从多个方面入手。首先是形态与染色特征，葡萄球菌为革兰阳性球菌，呈葡萄串状排列。在光学显微镜下观察其形态，不过仅通过形态难以准确区分具体种类。

培养特性方面，葡萄球菌营养要求不高，在普通琼脂平板上可生长，形成圆形、隆起、表面光滑、湿润、边缘整齐不透明的菌落。不同种类的葡萄球菌在血琼脂平板上的溶血现象有所不同，这是重要的鉴别依据之一。例如金黄色葡萄球菌在血琼脂平板上可形成透明溶血环，即β溶血，而表皮葡萄球菌一般不产生溶血现象，腐生葡萄球菌也多无溶血表现。

生化反应也是关键的鉴别方法。葡萄球菌能分解多种糖类产酸不产气。触酶试验可将葡萄球菌与链球菌属细菌相区别，葡萄球菌触酶试验阳性。而凝固酶试验是鉴别致病葡萄球菌与非致病葡萄球菌的重要方法，金黄色葡萄球菌多为凝固酶阳性，可产生游离凝固酶和结合凝固酶，使血浆凝固；表皮葡萄球菌和腐生葡萄球菌多为凝固酶阴性。

此外，还可通过耐热核酸酶试验，金黄色葡萄球菌能产生耐热核酸酶，可水解DNA，该试验阳性，而其他葡萄球菌一般为阴性。还可以利用噬菌体分型、质粒指纹图谱分析、PCR技术等分子生物学方法，这些方法能够从基因水平更准确地鉴别葡萄球菌属的不同种类，为临床诊断、流行病学调查等提供更精准的信息。通过综合运用这些方法，能够较为准确地鉴别葡萄球菌属的不同种类。