含牙囊肿又称滤泡囊肿，是指囊壁包含一个未萌牙的牙冠并附着于该牙的牙颈部的囊肿。它所包含的结构主要有以下几方面。

从大体标本来看，含牙囊肿一般有完整的囊壁结构。囊壁通常呈薄而透明状，质地较软。囊腔内含有淡黄色或草黄色的清亮液体，这是囊肿内的主要成分。当发生感染时，囊液可变为脓性。

在组织学结构上，含牙囊肿的囊壁由纤维结缔组织构成。外层为较致密的纤维结缔组织，其中含有一些小的血管和神经，为囊肿提供一定的营养支持。内层衬里上皮为复层扁平上皮，一般较薄，由2 - 5层扁平细胞或矮立方细胞组成。这些上皮细胞排列较为整齐，没有明显的上皮钉突。

含牙囊肿的关键结构是包含的未萌牙。这个未萌牙的牙冠完全被囊壁所包裹，牙颈部与囊壁附着。牙齿可以是恒牙，也可能是乳牙，常见于下颌第三磨牙、上颌尖牙等部位。未萌牙的牙体结构基本完整，包括牙釉质、牙本质、牙骨质等。牙釉质位于牙冠表面，是人体最硬的组织；牙本质构成牙齿的主体；牙骨质覆盖在牙根表面。

此外，在含牙囊肿的囊壁中，有时还可见到一些微小的卫星囊肿，这是由于上皮剩余增生形成的小的囊肿结构。同时，囊壁内可能存在一些炎症细胞浸润，尤其是在有感染的情况下，可见到大量的中性粒细胞、淋巴细胞等。这些结构特点对于含牙囊肿的诊断、鉴别诊断以及治疗方案的制定都具有重要意义。