庆大霉素和妥布霉素都属于氨基糖苷类抗生素，它们在多个方面存在一定区别。

从抗菌谱来看，庆大霉素抗菌谱较广，对多种革兰氏阴性菌如大肠埃希菌、克雷伯菌属、肠杆菌属、变形杆菌属等有良好的抗菌作用，对铜绿假单胞菌也有一定作用，此外对某些革兰氏阳性菌如金黄色葡萄球菌也有效。妥布霉素对铜绿假单胞菌的抗菌作用比庆大霉素强2 - 4倍，对其他革兰氏阴性菌的抗菌活性与庆大霉素相似，但对金黄色葡萄球菌的作用略逊于庆大霉素。

在药代动力学方面，两者在体内过程相似，口服都不易吸收，多采用肌内注射或静脉滴注给药。不过，妥布霉素在体内的分布容积相对较小，血药浓度相对较高，在肾皮质和内耳内、外淋巴液中浓度较高且消除缓慢。

从不良反应来说，两者都有耳毒性、肾毒性、神经肌肉阻滞作用等不良反应。但庆大霉素的肾毒性相对较为常见，可引起蛋白尿、管型尿、血尿等，严重时可导致肾功能减退。而妥布霉素的耳毒性相对更为突出，尤其是对前庭功能的影响，可引起眩晕、耳鸣、听力减退等，甚至可能导致永久性耳聋。

在临床应用上，庆大霉素常用于治疗敏感菌所致的呼吸道感染、泌尿道感染、肠道感染等，还可用于术前预防和术后感染。妥布霉素则主要用于治疗铜绿假单胞菌感染，如铜绿假单胞菌所致的败血症、呼吸道感染、烧伤创面感染等。