牙本质龋和牙骨质龋在多个方面存在差异。

首先，发生部位不同。牙本质龋主要发生在牙本质层，通常是在釉质龋进一步发展累及到牙本质后才出现。而牙骨质龋多发生于牙颈部，当牙龈萎缩、牙根面暴露后，牙骨质直接受到口腔内细菌等致龋因素的作用而发生龋坏。

其次，进展速度有别。牙本质龋进展相对较快。因为牙本质中有牙本质小管，细菌产生的毒素和酸性物质可以通过牙本质小管迅速向深部扩散，而且牙本质的矿化程度低于釉质，更容易被酸溶解。牙骨质龋进展相对缓慢，牙骨质的结构较为致密，细菌侵入相对困难，所以龋坏发展速度不如牙本质龋。

再者，病理变化特点不同。牙本质龋的病理变化从深部到表层可分为透明层、脱矿层、细菌侵入层和坏死崩解层。透明层是牙本质小管内矿物盐沉积，使小管发生封闭；脱矿层有脱矿但无细菌侵入；细菌侵入层有细菌侵入牙本质小管并使其扩张变形；坏死崩解层则是牙本质完全崩解破坏。牙骨质龋早期表现为表层脱矿，随着病变发展，细菌可沿穿通纤维侵入牙骨质，病变继续向深部发展可累及牙本质，其病理变化不如牙本质龋那样有明显的分层。

最后，临床表现也不同。牙本质龋患者可能较早出现对冷热酸甜等刺激敏感的症状，因为牙本质小管内有神经末梢。牙骨质龋早期一般无明显症状，当病变累及牙本质时才可能出现敏感症状。