牙周脓肿的治疗原则是止痛、防止感染扩散以及使脓液引流。治疗方法主要分为急性牙周脓肿的治疗和慢性牙周脓肿的治疗。
对于急性牙周脓肿，在脓肿初期，也就是脓液尚未形成前，可清除大块牙石，冲洗牙周袋，将防腐抗菌药引入袋内，如给予复方氯己定含漱，必要时全身给以抗生素或支持疗法，以控制炎症，阻止炎症的进一步发展。当脓液形成且局限，出现波动感时，可根据脓肿的部位及表面黏膜的厚薄，选择从牙周袋内或牙龈表面引流。前者可用尖探针从袋内壁刺入脓腔，后者可在表面麻醉下，用尖刀片切开脓肿达深部，以使脓液充分引流。切开后应彻底冲洗脓腔，然后敷防腐抗菌药物。过早的切开引流会造成创口流血过多和疼痛。切开引流后的数日内应让患者用盐水或氯己定等含漱。对于患牙挺出而咬合接触疼痛者，可将明显的早接触点调磨，使患牙获得迅速恢复的机会。
慢性牙周脓肿可在洁治的基础上直接进行牙周手术。根据不同情况，可选择脓肿切除术，即将脓肿连同病变的牙龈组织一并切除；也可进行翻瓣术，在翻瓣的过程中彻底清除根面的菌斑、牙石，修整牙龈和牙槽骨的外形，以消除牙周袋。同时，患者在治疗期间要注意保持口腔卫生，养成良好的刷牙习惯，定期进行口腔检查和洁治，以维护牙周健康，防止牙周脓肿的复发。
