根尖周囊肿是颌骨内最常见的牙源性囊肿，其成因主要与根尖周组织的慢性炎症有关。当牙髓发生感染时，细菌及其毒素会通过根尖孔扩散至根尖周组织，引起根尖周炎。在炎症的刺激下，根尖周组织中的牙周膜内的上皮剩余，即马拉瑟上皮剩余，会发生增生。
这些增生的上皮团块中央由于营养障碍等原因发生变性、液化，形成小囊腔。随着病变的持续发展，囊腔会逐渐扩大，周围的炎症细胞浸润和组织液渗出，使得囊液不断增多，囊肿也随之增大。
另外，根尖周的炎症持续存在，会导致根尖周组织的血液循环和代谢发生改变。炎症产生的一些酶类物质，如胶原酶等，会破坏周围的牙槽骨组织，为囊肿的进一步发展提供空间。同时，炎症还会刺激周围的成纤维细胞增生，形成囊壁。囊壁主要由纤维结缔组织构成，内表面衬有复层鳞状上皮。
在囊肿的发展过程中，如果患者的身体抵抗力较强，或者经过适当的治疗，炎症可能会得到一定程度的控制，囊肿的生长速度会减缓；但如果炎症持续得不到有效控制，囊肿会不断增大，压迫周围的组织，导致牙齿松动、移位，甚至引起颌骨的病理性骨折等严重并发症。综上所述，根尖周囊肿的形成是一个多因素参与、逐渐发展的过程，主要根源在于牙髓感染引发的根尖周慢性炎症。
