由于不清楚“两者”具体所指，下面以口腔常见的牙源性角化囊肿和含牙囊肿在镜下表现差异为例进行解答。
牙源性角化囊肿镜下表现具有以下特点：其囊壁较薄，由复层扁平上皮构成，一般厚度较一致，约5 - 8层细胞，无上皮钉突。上皮表层为不全角化，呈波纹状，细胞核呈固缩状，染色深。棘细胞层较薄，细胞间桥不明显。基底细胞层界限清楚，由柱状或立方状细胞组成，呈栅栏状排列，核远离基底膜，染色深。纤维囊壁较薄，一般无炎症，但合并感染时，囊壁增厚，可见大量炎症细胞浸润，有时可见胆固醇结晶裂隙及上皮岛。
含牙囊肿镜下表现与牙源性角化囊肿有明显不同。含牙囊肿的囊壁由纤维结缔组织构成，内衬复层扁平上皮，较薄，一般约2 - 4层扁平细胞，无角化，无上皮钉突。在囊肿的纤维囊壁中有时可见牙源性上皮岛或微小囊肿。当囊肿继发感染时，上皮增生，钉突明显，可见大量炎症细胞浸润。含牙囊肿的囊腔内含有牙冠，囊壁附着于牙颈部，即釉牙骨质界处。
综上所述，牙源性角化囊肿和含牙囊肿在镜下的上皮厚度、角化情况、基底细胞形态、纤维囊壁特征等方面都存在明显差异，这些差异对于准确诊断和鉴别这两种囊肿具有重要意义。
