慢性牙周炎的治疗程序通常分为四个阶段，下面为你详细介绍各阶段的治疗方法。

第一阶段是基础治疗，这是整个治疗的基石。首先要进行口腔卫生指导，医生会教导患者正确的刷牙方法，如巴氏刷牙法，以及使用牙线、牙缝刷等辅助清洁工具，以帮助患者养成良好的口腔卫生习惯。同时，会进行龈上洁治术，也就是常说的洗牙，通过超声波洁牙机去除牙龈以上的牙石和菌斑。龈下刮治术和根面平整术也是重要环节，它们能去除牙龈以下的牙石和菌斑，平整根面，消除细菌滋生的环境。此外，对于有咬合创伤的患者，还需要进行咬合调整，以减轻牙齿的负担。对于炎症较重的患者，可能会配合使用抗菌药物，如甲硝唑、阿莫西林等。

第二阶段是牙周手术治疗。如果基础治疗后，牙周袋仍较深，炎症无法彻底消除，就需要进行手术治疗。常见的手术方法有牙龈切除术、翻瓣术等。牙龈切除术主要用于切除增生的牙龈组织，消除牙周袋。翻瓣术则是将牙龈翻开，暴露根面，彻底清除牙石和病变组织，然后将牙龈复位缝合，以促进牙周组织的修复。

第三阶段是修复治疗阶段。在牙周炎症得到控制后，对于缺失牙的患者，可以进行义齿修复，恢复咀嚼功能。同时，还可以通过正畸治疗等方法，调整牙齿的位置，改善咬合关系，有利于牙周组织的健康。

第四阶段是维护期治疗。这是一个长期的过程，患者需要定期复查，一般每3 - 6个月复查一次。医生会检查患者的口腔卫生情况、牙周组织的恢复情况等，并根据具体情况进行相应的处理。患者也需要继续保持良好的口腔卫生习惯，坚持正确刷牙和使用牙线等。

总之，慢性牙周炎的治疗是一个系统的过程，需要患者积极配合，按照医生的建议进行治疗和维护，才能取得良好的治疗效果。