由于你没有明确指出“两者”具体是什么，下面我以口腔常见的两种疾病——牙源性角化囊肿和含牙囊肿为例，来阐述它们的病理区别。

牙源性角化囊肿又称为始基囊肿，其病理特征较为独特。在肉眼观察下，囊肿壁较薄，囊腔内常含有黄白色发亮的角化物或干酪样物质。镜下可见，囊壁衬里上皮为较薄的复层扁平上皮，一般无上皮钉突，上皮表面呈波浪状或皱褶状，表层多为不全角化。棘细胞层较薄，常呈细胞内水肿。基底细胞层界限清楚，呈栅栏状排列。纤维囊壁较薄，一般无炎症，但合并感染时，囊壁增厚，可见大量炎症细胞浸润。有些囊肿的纤维囊壁内可见微小的子囊或上皮岛。

含牙囊肿又称滤泡囊肿，是指囊壁包含一个未萌牙的牙冠并附着于该牙的牙颈部的囊肿。肉眼观，囊肿内含牙冠，囊壁附着于牙颈部。镜下可见，囊壁衬里上皮为复层扁平上皮，较薄，无角化，无上皮钉突。上皮由2 - 5层扁平或矮立方状细胞组成，无明显的细胞间桥。纤维囊壁较薄，一般无炎症，若有炎症，可见淋巴细胞和浆细胞浸润。囊腔内含有清亮的液体或淡黄色液体，有时可见胆固醇结晶。

综上所述，牙源性角化囊肿和含牙囊肿在囊壁衬里上皮的形态、角化情况、纤维囊壁的特征以及囊内容物等方面都存在明显的病理区别。这些区别对于准确诊断疾病、制定治疗方案具有重要意义。