当医疗机构发现甲类传染病时，应当立即采取以下措施：
1. 报告疫情：在最短时间内向当地疾病预防控制机构报告，并按照规定内容、程序、方式和时限报告。
2. 隔离治疗：对病人、病原携带者进行隔离治疗，隔离期限根据医学检查结果确定；对于疑似病人，在明确诊断前应在指定场所单独隔离观察。
3. 医学观察：对医疗机构内的密切接触者采取医学观察措施，并告知其不得离开指定地点和避免与他人接触。
4. 个人防护：加强医务人员的个人防护，防止交叉感染。
5. 消毒处理：对可能污染的物品、环境进行彻底消毒，切断传播途径。
6. 卫生宣教：开展健康教育活动，提高公众自我保护意识和能力。
7. 配合调查：积极配合卫生行政部门和疾病预防控制机构开展流行病学调查工作。
