治疗深部真菌感染，临床上通常会根据不同的病原体和感染部位来选择合适的抗真菌药物。常用的药物包括但不限于：
1. 两性霉素B（Amphotericin B）：是治疗严重、系统性和威胁生命的真菌感染的首选药物之一，具有广泛的抗菌谱。
2. 氟康唑（Fluconazole）：对于念珠菌属等引起的深部真菌感染非常有效。特别是隐球菌性脑膜炎和念珠菌血症等情况。
3. 伊曲康唑（Itraconazole）：适用于治疗多种真菌所导致的疾病，如组织胞浆菌病、芽生菌病及部分类型的皮肤粘膜念珠菌感染等。
4. 卡泊芬净（Caspofungin）、米卡芬净（Micafungin）和阿尼芬净（Anidulafungin）：属于棘白菌素类，对于难治性或对其他药物耐药的真菌感染有较好的疗效。
5. 泊沙康唑（Posaconazole）：用于预防和治疗某些特定类型的严重真菌感染，如侵袭性曲霉病等。

在具体使用时，需结合患者的具体情况（如肾功能、肝功能状态、是否合并其他疾病等因素），以及药物的适应症、禁忌症、副作用等方面综合考虑。此外，在确定治疗方案前，最好能够通过实验室检查明确致病菌种，并根据药敏试验结果选择最敏感有效的药物。如果病情复杂或者常规治疗效果不佳时，可能需要联合用药以提高疗效并减少耐药性的发生。

请注意，上述信息仅供参考，实际临床应用中应遵循医生的专业指导。