选择外科手术用抗菌药物时，主要需要考虑以下几个因素：
1. 手术部位和类型：不同的手术部位感染的风险不同，比如消化道、泌尿生殖系统、呼吸道等的手术由于这些部位本身存在较多细菌，因此在选择抗菌药物时需特别注意。同时，清洁手术与污染手术对抗菌药物的选择也有很大差异。
2. 患者情况：包括患者年龄、性别、体重、肝肾功能状态以及是否存在过敏史等因素。对于肝肾功能不全的患者，需要选用对肝脏和肾脏影响较小或代谢途径不同的抗菌药物；对于有过敏史的患者，则需避免使用可能引发过敏反应的药物。
3. 预防性用药与治疗性用药：预防性用药主要是为了防止手术过程中细菌感染的发生，而治疗性用药则是针对已经发生的感染进行治疗。两者的用药目的不同，在选择药物时也有所区别。
4. 当地耐药情况：了解本地区或医院内常见病原菌及其耐药谱对于合理选用抗菌药物至关重要。例如，在某些地区金黄色葡萄球菌对青霉素类药物普遍耐药，此时则不应首选此类药物作为预防用药。
5. 经济成本与效益比：在保证疗效的前提下，尽量选择性价比高的抗菌药物，减轻患者经济负担的同时也避免医疗资源的浪费。
6. 药物的安全性和使用便捷性：考虑到手术过程中及术后可能遇到的各种情况，需要选取安全可靠、易于给药且副作用小的抗菌药物。