长链脂肪酸在消化道内的吸收是一个复杂但有序的过程，主要发生在小肠。当食物中的脂肪到达小肠时，会受到胆汁的作用而乳化成细小的液滴，这增加了脂肪与消化酶接触的表面积。接下来，在胰腺分泌的脂肪酶作用下，长链脂肪酸从甘油三酯中被分解出来。
一旦长链脂肪酸和其它水溶性物质如单酰甘油形成微胶粒，它们就能穿过小肠上皮细胞表面的一层脂质双分子层。这是因为长链脂肪酸本身是疏水性的，能够溶解在这些微胶粒中，并通过胞吞作用或直接扩散的方式进入肠黏膜细胞。
进入肠黏膜细胞后，长链脂肪酸会重新与甘油结合形成新的甘油三酯，并被包装成脂蛋白颗粒（主要是乳糜微粒）。这些大分子随后会被排入淋巴系统中的乳斑管。从这里开始，它们通过胸导管最终进入血液循环系统。
总之，长链脂肪酸的吸收过程涉及到了胆汁的乳化作用、酶促反应、细胞内的代谢重组以及淋巴系统的运输等多个环节。
