在中医理论中，阴阳学说是基础之一，它不仅解释了人体生理、病理现象，还指导着疾病的诊断和治疗。阴阳学说认为，人体健康状态是阴阳平衡的结果，疾病的发生则是由于阴阳失衡所致。因此，在疾病治疗上应用阴阳学说的原则主要包括以下几个方面：
1. 调整阴阳：治疗的首要目标就是调整阴阳，使其恢复到相对平衡的状态。例如，对于阴虚阳亢的情况，应该滋阴降火；而对于阳虚阴盛，则需温阳散寒。
2. 阴中求阳、阳中求阴：在具体治疗方法上，中医强调“阴病治阳，阳病治阴”。即当病症表现为阴性特征时（如畏寒肢冷），治疗应着眼于增强阳气；反之亦然。此外，在选择药物或疗法时也要注意阴阳相生的关系，比如用温热药来治疗寒症的同时适当加入一些凉性药材以防止过热。
3. 阴阳互根：在调和阴阳的过程中，还应注意利用阴阳之间的相互依存关系。如通过补益一方来间接促进另一方的恢复，即“壮水之主，以制阳光”或“益火之源，以消阴翳”。
4. 因时因地因人而异：治疗过程中还需考虑季节变化、地理环境和个人体质等因素对阴阳平衡的影响，采取相应的调治策略。例如，在冬季寒冷干燥的环境下，人体容易出现阳气不足的情况，此时应注重温补；对于不同个体而言，则需根据其具体情况辨证施治。

总之，中医运用阴阳学说指导临床治疗时，强调全面分析疾病成因、发展过程及患者整体状况，灵活应用调和阴阳的原则来制定个性化的治疗方案。