盐析法分离蛋白质主要依据的是蛋白质在溶液中的溶解度受到盐浓度的影响。当向含有蛋白质的水溶液中加入一定量的中性盐（如硫酸铵、氯化钠等）时，随着盐浓度的增加，蛋白质分子表面的电荷被屏蔽，减少了蛋白质与水分子之间的相互作用，导致蛋白质分子之间的疏水部分更容易相互接触和聚集，从而降低其在水中的溶解度。当达到某一特定的盐浓度时，蛋白质就会从溶液中析出形成沉淀。
这个过程可以分两个阶段来看：首先是在低盐浓度下，随着盐浓度逐渐增加，蛋白质的溶解度会先有一个短暂的上升；这是由于加入少量的盐能破坏水分子之间的氢键网络结构，使原本被水化层包围着的蛋白质表面暴露出来。但是当继续增加盐浓度时，电荷屏蔽效应占据主导地位，导致蛋白质之间相互吸引并聚集形成大颗粒而沉淀下来。
利用这一特性，在实际操作中可以通过调节溶液中的盐浓度来控制不同种类或大小蛋白质的分离和纯化过程。
