肾脏在钙磷代谢中起着非常重要的作用。首先，通过排泄和重吸收的方式，肾小管对血中的钙、磷水平进行精细调控。具体来说：
1. 钙的调节：近端小管几乎完全重吸收滤过的钙，而远曲小管和集合管则根据体内需要调节钙的重吸收量。当机体缺钙时，活性维生素D3（即1,25-二羟基维生素D3）可以增加这些部位对钙的重吸收；同时，甲状旁腺激素(PTH)也能促进肾小管特别是远曲小管和集合管对钙的重吸收。
2. 磷的调节：大部分滤过的磷在近端小管被重吸收。当血磷水平升高时，肾脏会减少磷的重吸收并增加其排泄；相反地，在低磷状态下，则会提高磷的重吸收率以维持平衡。这也是受PTH和成纤维细胞生长因子23（FGF-23）等激素调控的结果。
此外，肾脏还能合成活性维生素D3，这是一种重要的调节物质，它能增强肠道对钙、磷的吸收，并与PTH共同作用于骨组织，促进骨骼中钙的释放或沉积，从而维持血钙浓度在正常范围内。通过这些机制，肾脏有效参与了体内钙磷代谢的平衡过程。
