先天性甲状腺功能减退症，通常简称为先天性甲减，是一种新生儿较为常见的内分泌代谢疾病。该病的主要原因是由于胎儿期或出生后甲状腺发育不良、缺如或者异位导致的甲状腺激素合成和分泌不足。

在所有原因中，最常见的是甲状腺不发育（也称作甲状腺缺如）或发育不全。这种情况约占先天性甲减病例的80%-85%左右。当婴儿的甲状腺未能正常形成时，就会出现这种问题。此外，即使有部分组织存在，也可能因为其功能异常而不能产生足够的甲状腺激素。

除了上述原因外，其他较少见的原因包括：
1. 甲状腺异位：即甲状腺位于不正确的位置，这可能影响到它的正常工作。
2. 遗传因素：某些基因突变可以导致先天性甲减。例如，TSH受体、过氧化物酶和碘转运蛋白等与甲状腺激素合成相关的基因缺陷。
3. 母亲自身免疫性疾病：母亲体内存在的抗甲状腺抗体可能通过胎盘传递给胎儿，抑制其甲状腺的功能。
4. 碘缺乏或过量：虽然在大多数发达国家中不太常见，但在某些地区，由于饮食中碘含量不足或者过多也可能引起先天性甲减。

因此，在临床实践中遇到疑似先天性甲减的患儿时，医生需要综合考虑上述各种可能性，并通过详细的病史采集、体格检查以及实验室检测来明确诊断。早期发现和治疗对于改善患者的预后至关重要。