氨基酸是构成蛋白质的基本单元，它们之间通过肽键相连形成长链状的多肽或蛋白质。具体来说，在两个氨基酸分子中，一个氨基酸的羧基（-COOH）与另一个氨基酸的氨基（-NH2）发生脱水缩合反应，释放出一分子水，形成一个连接这两个氨基酸的肽键（-CO-NH-）。这个过程可以连续进行，使得多个氨基酸以线性方式相连，最终形成长链状结构。蛋白质的一级结构就是指这种由肽键依次连接而成的氨基酸序列。
在生物体内，这一系列反应通常是在核糖体上完成的，通过mRNA携带遗传信息指导特定种类和顺序的氨基酸被加入到正在合成中的多肽链中。此外，除了肽键之外，蛋白质分子内部还可能存在其他类型的化学键或作用力（如氢键、疏水作用等），这些对于维持蛋白质的空间结构及其功能也非常重要。但就氨基酸之间直接相连而言，肽键是最主要的连接方式。
