选择外科手术中使用的抗菌药物，主要基于以下几个关键因素：

首先，要考虑感染的风险类型。不同的手术部位和手术方式可能导致不同类型的细菌感染，比如皮肤切口可能遇到的病原菌与腹腔内手术可能遭遇的病原体就大不相同。因此，在选择抗菌药物时需要考虑预期的潜在致病微生物种类。

其次，患者自身的健康状况也是一个重要因素。例如，患者的免疫状态、是否有过敏史、肾功能和肝功能的状态等都会影响到抗菌药物的选择。对于有特殊疾病或体质较弱的病人来说，可能需要选用更安全或者针对性更强的药物。

第三，手术类型及其持续时间也会影响选择。复杂程度高、预计出血量大以及操作时间较长的手术往往需要更长时间的预防性使用抗生素以降低感染风险；而简单快速的小型手术则可能只需要短程给药即可达到目的。

第四，当地细菌耐药情况也是一个不可忽视的因素。医生应根据医院或地区的细菌耐药监测数据来决定最合适的抗菌药物种类，避免因选用不当而导致治疗失败或者促进耐药菌株的产生和发展。

最后，成本效益分析也是选择抗菌药物时需要考虑的一个方面。在确保疗效的前提下，合理控制医疗费用，为患者提供经济实惠且高效的治疗方案。

综上所述，在选择外科手术用抗菌药物时需综合考量感染风险、患者个体差异、手术特点、地区耐药状况及经济效益等多方面的因素。