未消化的蛋白质进入大肠后，其命运主要取决于几个因素，包括肠道菌群的状态、个体的健康状况以及蛋白质的具体类型。首先，在正常情况下，人体的小肠是负责大部分营养物质吸收的主要场所，包括蛋白质。然而，当某些蛋白质未能在小肠中完全被分解和吸收时，它们就会进入大肠。

一旦未消化或部分消化的蛋白质到达大肠，肠道内的细菌群落便开始发挥作用。这些微生物能够利用未消化的蛋白质作为能量来源，并通过发酵过程将其进一步分解。这一过程中会产生多种代谢产物，包括短链脂肪酸（如丁酸、丙酸等）、氨气、硫化氢以及一些其他气体和化合物。

然而，需要注意的是，过多的未消化蛋白质在大肠内的积累可能导致一系列不良后果：
1. 过量的蛋白质发酵可能产生过多的有害物质，比如氨和其他有毒代谢物，这些物质如果被大量吸收进入血液循环中，可能会对肝脏造成负担。
2. 长期摄入高蛋白饮食且未能有效消化的情况下，还可能会改变肠道菌群平衡，导致某些病原微生物过度生长，从而影响人体健康。
3. 未完全消化的蛋白质也可能与大肠内的其他物质结合形成难以排出的复合物，增加便秘的风险。

因此，保持良好的消化系统功能，确保食物中的营养成分能够被充分吸收是非常重要的。对于那些有特殊需求或者存在消化问题的人来说，应该咨询专业医生或营养师，以获得个性化的建议和支持。