蛋白质的消化过程主要是在胃和小肠中进行，但其初始阶段始于口腔。尽管唾液中的酶主要是淀粉酶，用于碳水化合物的初步分解，但唾液中的少量蛋白酶也可能对食物中的蛋白质产生轻微作用。然而，这一作用相对较小，蛋白质的主要消化开始于胃部。
当食物进入胃后，胃酸（主要成分是盐酸）将pH值降低至约2左右，此环境不仅有助于杀死随食物进入的微生物，还激活了胃蛋白酶原，使其转化为活性形式的胃蛋白酶。胃蛋白酶在酸性环境中能够有效地分解蛋白质分子中的肽键，将其初步降解为较小的多肽片段。
随后，这些多肽片段随着食糜一起进入小肠，在这里它们将遇到更多的消化酶，包括胰腺分泌的多种蛋白酶如胰蛋白酶、糜蛋白酶等。这些酶进一步将多肽分解成更小的短链肽和氨基酸。最终，通过小肠上皮细胞表面的特定载体系统，这些氨基酸或短链肽被吸收进入血液循环。
综上所述，虽然蛋白质的消化可以认为在口腔中已经开始，但其主要且显著的消化过程是在胃部启动，并在小肠内完成的。
