在医疗实践中，平衡公共利益与个人权益是一个复杂而重要的议题。一方面，保护公众健康是医疗卫生系统的重要职责；另一方面，尊重每个个体的隐私权、自主选择权等基本权利同样不可忽视。以下几点建议可以帮助临床助理医师更好地处理这一问题：
1. 坚持伦理原则：遵循医学伦理的基本准则，如不伤害、有利、公正和尊重个人的原则，在决策过程中始终将患者的最佳利益放在首位。
2. 明确法律法规要求：熟悉并遵守相关的法律条文与规定，比如《中华人民共和国医师法》、《医疗事故处理条例》等，确保自己的行为合法合规。
3. 进行风险评估：在面临可能影响公共健康的个案时（如传染病防控），需要对潜在的风险进行科学合理的评估。如果确实存在较大的公共卫生威胁，则可以考虑采取必要的限制措施，但必须保证这些措施是最小侵害性的，并且有明确的法律依据。
4. 促进沟通与理解：加强医患之间的有效沟通，向患者解释为何某些情况下可能需要牺牲部分个人权益以维护更广泛的公共利益。同时也要倾听患者的诉求和担忧，尽可能寻找双赢或折衷方案。
5. 寻求专业指导和支持：当遇到难以判断的情况时，可以咨询伦理委员会、法律顾问等专业人士的意见，共同探讨解决方案。

总之，在实际操作中既要坚守医学道德底线，又要灵活应对各种复杂情况，努力实现公共利益与个人权益之间的和谐共存。