新生儿筛查甲状腺功能减退症（简称“甲减”）时，主要采用血清中的促甲状腺激素（TSH, Thyroid Stimulating Hormone）作为筛查指标。这是因为TSH是由脑下垂体分泌的一种激素，它能够促进甲状腺合成并释放甲状腺素。在甲状腺功能正常的情况下，血液中TSH水平会保持在一个相对稳定的范围内。当新生儿出现先天性甲状腺功能减退时，由于甲状腺不能产生足够的甲状腺素来满足身体需要，这将导致负反馈机制减弱或失效，进而使脑下垂体检测到低水平的甲状腺素后分泌更多的TSH以试图刺激甲状腺工作。
因此，在新生儿筛查项目中，通常会在出生后2-3天采集足跟血样进行TSH浓度测定。如果初筛结果显示TSH值高于正常范围（不同地区和实验室可能有不同的标准值），则需要进一步做详细的检查，如游离T4 (Free T4) 的检测来确认是否存在甲状腺功能减退，并及时给予相应的治疗干预。
值得注意的是，新生儿甲减的早期诊断与治疗对于预防智力发育迟缓等严重后果至关重要。因此，通过新生儿筛查计划及早发现潜在问题并采取措施是非常重要的公共卫生措施之一。
