在消化系统中，胰腺分泌的胰液含有多种消化酶，其中能够分解蛋白质的主要有三种酶：胰蛋白酶（Trypsin）、糜蛋白酶（Chymotrypsin）和弹性蛋白酶（Elastase）。这些酶在小肠内共同作用，将食物中的大分子蛋白质逐步分解成较小的多肽片段乃至氨基酸，以便于人体吸收。
1. 胰蛋白酶：主要负责切割赖氨酸或精氨酸残基羧基侧的肽键。它是由胰腺分泌的一种无活性前体——胰蛋白酶原（Trypsinogen），在进入小肠后被肠激酶或其他已活化的胰蛋白酶激活而成。
2. 糜蛋白酶：作用于芳香族氨基酸如苯丙氨酸和酪氨酸残基羧基侧的肽键。与胰蛋白酶类似，它也是以无活性形式——糜蛋白酶原（Chymotrypsinogen）的形式由胰腺分泌，并在小肠中被激活。
3. 弹性蛋白酶：能够特异性地水解含有较小氨基酸残基如丙氨酸、丝氨酸等的肽键。同样，它也以无活性形式——弹性蛋白酶原（Proelastase）存在于胰液中，在到达小肠后被激活。

这三种蛋白质分解酶在消化过程中相互协作，共同完成对食物中复杂蛋白质结构的有效降解。此外，为了确保这些强效的蛋白水解酶不会在它们还在胰腺内部时就开始工作，所有的这些酶都是以无活性前体形式分泌出来的，并且只有当它们到达小肠后才会被激活，这样可以防止自身消化等不良后果的发生。