蛋白质的四级结构是由多个具有独立三级结构的多肽链（亚基）通过非共价键相互作用而形成的复杂立体构象。决定蛋白质四级结构的主要因素包括：
1. 氨基酸残基侧链之间的相互作用：氨基酸残基上的不同官能团，如极性、非极性、酸性和碱性等特性决定了它们之间的亲水或疏水相互作用、氢键形成、静电吸引和排斥力以及范德华力。这些相互作用对于维持蛋白质的稳定构象至关重要。
2. 二硫键：在某些情况下，两个半胱氨酸残基之间可以形成稳定的共价连接即二硫键（-S-S-）。虽然二硫键主要影响的是蛋白质的二级和三级结构，但在特定条件下也能对四级结构产生重要影响。
3. 盐桥：带正电荷的氨基酸如赖氨酸、精氨酸与带负电荷的氨基酸如天冬氨酸、谷氨酸之间形成的静电吸引力称为盐桥。这些作用力有助于稳定蛋白质亚基之间的相对位置。
4. 水分子和离子的影响：水分子可以作为桥梁介导氢键形成，而某些金属离子则能够促进特定蛋白质亚基间的结合。此外，在生理条件下，pH值、温度等环境因素也会影响蛋白质四级结构的稳定性。
总之，蛋白质四级结构是由其一级序列中氨基酸残基的性质及它们之间复杂的非共价相互作用共同决定的。了解这些原理对于研究蛋白质功能以及设计新的药物分子具有重要意义。
