在DNA变性的过程中，并不是DNA分子内部的共价磷酸二酯键或糖苷键发生断裂，而是维持DNA双螺旋结构稳定性的非共价力被破坏。具体来说，在DNA的双链结构中，两条互补的核苷酸链通过碱基间的氢键相互连接。这些氢键是腺嘌呤（A）与胸腺嘧啶（T）之间形成2个氢键，而鸟嘌呤（G）与胞嘧啶（C）之间则可以形成3个氢键。此外，DNA双螺旋结构的稳定性还受到碱基堆积力的影响，这是一种存在于相邻碱基平面之间的疏水相互作用。
当条件变化如温度升高、pH值改变或加入某些化学物质时，这些非共价相互作用会被削弱甚至破坏，导致两条互补链分离，这就是所谓的“DNA变性”。在这个过程中，并没有发生任何共价键的断裂。因此，在回答这个问题时，正确答案是：在DNA变性过程中，主要是氢键和碱基堆积力等非共价力的断裂导致了双链的分离。
