在核酸分子中，碱基配对原则是指DNA或RNA分子中特定碱基之间的互补结合规则。这一原则是由詹姆斯·沃森和弗朗西斯·克里克于1953年提出，并成为理解遗传信息存储与传递的基础。
对于DNA而言，其双螺旋结构中的碱基配对遵循严格的规则：腺嘌呤（A）总是与胸腺嘧啶（T）通过两个氢键相连；鸟嘌呤（G）则与胞嘧啶（C）通过三个氢键相连接。这种特定的配对方式保证了DNA分子在复制过程中的准确性和稳定性，同时也为遗传信息的传递提供了物理基础。
而在RNA中，由于其通常以单链形式存在，但也可以形成局部双螺旋结构或发夹结构等二级结构，在这些情况下同样存在着碱基配对现象。不过与DNA不同的是，RNA中的胸腺嘧啶被尿嘧啶（U）所替代，因此在RNA中我们看到的碱基配对主要是：腺嘌呤（A）与尿嘧啶（U）通过两个氢键相连；鸟嘌呤（G）与胞嘧啶（C）之间则保持三个氢键的连接方式。
这些规则不仅对于理解DNA和RNA的基本结构至关重要，而且在分子生物学、遗传学以及相关医学领域都有着广泛的应用价值。例如，在基因工程中利用特定序列设计引物时就需要考虑碱基配对原则；在诊断某些遗传病时也会根据这一原理来检测目标基因的突变情况等。
